Nach Jahren des praktischen Studiums fand er heraus, dass zwölf Mineralstoffe als die wesentlichen Zellnährstoffe gelten und für den Organismus unverzichtbar sind. Schüssler wusste als Arzt, dass die Mineralstoffe, wenn sie pur gegeben werden, für den Organismus eine Belastung darstellen können. Deshalb lies er die Mineralstoffe so verdünnen, dass sie auch durch die winzigen Öffnungen der Zellwand hindurch können.

Somit sind die Schüsslersalze keine Mineralstoffe im üblichen Sinne, wie sie in Heilerden, auch in vielen Basenmischungen und den Nahrungsmitteln vorkommen, und so ist es ausgeschlossen, zu viel davon aufzunehmen.
Zudem sind jeweils ein basisches und ein saures Element miteinander verbunden. Durch die Verbindung Base und Säure (z.B. bei Calcium phosphoricum: Calcium = Base, Phosphor = Säure) muss der Organismus diese Kombinationen nicht aus den Einzelelementen zusammenbauen. Deshalb sind die Mineralstoffkombinationen nach Dr. Schüssler für den Organismus sehr wirkungsvoll.

Da die Mineralstoffe dem Organismus fehlende Betriebsstoffe zuführen, können sie selbstverständlich neben allen Medikamenten, auch Homöopathie oder Bachblüten und andere Heilmitteln genutzt werden. Sie behindern die Behandlung in keinster Weise, sondern unterstützen und fördern sie sogar.

Kurz vor seinem Tode, am 30. März 1898, ergänzte er noch die 25. Auflage seiner "Abgekürzten Therapie" die heute noch als Grundlage dient.